带薪年休假的初衷是为了要求企业合法使用员工，关注员工的身心健康，合理安排员工的劳逸时间，构建和谐劳资关系。这本是一件对企业和员工双赢的事，但是现实状况却是企业频频剥夺员工的带薪年休假，员工在职时不是默默承受，就是干诺不敢言，只能在离职时和企业“秋后算账”，带薪年休假似乎总能成为员工离职时丢给企业的最后一枚“定时炸弹”。
企业应合理安排员工带薪年休假，有些企业本身对执行年休假的规定并不抵触，只是在执行过程中，经常碰到诸多实际问题，使其在合法用工和钻法律漏洞之间左右为难，这些问题大致可大致归纳如下：
1.多数员工年休假累积于年底休，企业若安排休息休假，则影响企业生产，反之，则面临违法或增加用工成本的问题。
健全企业自身规章制度和年休假流程才是根本解决之道，首先要把年休假的安排纳入到企业的控制之下。《企业职工带薪年休假实施办法》第五条规定：“单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假”。未达到该目的，同时也为减少员工对企业强制安排年休假的抵触情绪，企业可根据自身的生产经营特点，在规章制度中做出明确规定，如“在每个自然年度的1月底前，公司在职员工需提交本年度的年休假安排计划表，公司根据生产经营安排，可对员工的休假安排进行调整，并在双方确认后按休假安排计划表执行;对于逾期未提交年休假安排计划的员工，由公司统筹进行安排并发送休假通知，对于受到休假通知后3日内未提出书面异议的，视为员工同意公司的休假安排;对于员工在应休年休假日实际上班的，除公司或权限上司特别要求其上班的情况以外，视为员工主动放弃年休假”。
上述这样一条简单的规定一可有效的将法律规定融入到企业自身的规定中;二可以结合企业的实际情况使年休假制度具有可行性;三是减少了员工对企业直接强制安排年休假时间的抵触，原则上能让员工合理调配年休假，更具人性化;四是企业依然可掌控年休假的管理安排权限，在原则上遵循员工自行安排的情况下，针对某些大面积休假可能影响企业生产经营的，可进行相应的调整。
2.申请离职员工未休年休假如何处理
这是一个比较普遍的问题，比较可行的作法是在离职情形出现时，在给员工办理正式书面退工手续前安排其休掉未休的年休假。这种制度应体现在两个方面：一种是员工提出的离职，针对此种情况，企业应该规定“员工提出离职申请时，应该服从公司安排，在提出申请后按照离职程序办理交接手续，并补休应休未休的年休假，休假结束后，待签收必要的书面离职协议且其他离职手续均办理完结后，方可这是离职”。另一种是企业提出的解约请求，此情况下操作更具可选择性，企业既可以在与员工解约之前就给其发通知休掉年休假，也可以在有协商可能的前提下砸，在相应书面协议中明确如何休年休假。即使前两者都无法执行，企业欲想解除或终止合同，多承担年休假工资相信企业也是可以接受的。
还可能存在的情况是员工休完年休假后不会企业办理离职手续，企业可借鉴在先办理离职交接的全部手续，同时与员工订立一个书面协议“公司安排员工***于*年*月*日至*年*月*日休年休假，年休假届满后的*年*月*日双方劳动关系解除、终止，双方对彼此间的工资、社保、福利、休假、补偿金等劳动事项均无异议”的条款，起到保护自身利益的作用。
3.员工不愿或放弃休年休假，企业如何保障自身不会有法律风险。
在日常管理中，也会碰到有些员工有意无意地不休年休假，但是岁末年底时却会讨要3倍的年休假工资的情况。《企业职工带薪年休假实施办法》第十条第二款规定：用人单位安排职工休年休假，但是职工因本人原因且书面提出不休年休假的，用人单位可以只支付其正常工作期间的工资收入。因此对于不愿休年休假和放弃休年休假的员工，企业切记要以符合法律规定的书面形式确认员工主动放弃年休假。